انتشارات هرمس در سال ۱۳۷۵ اندکی پس از تأسیس شهر کتاب، فعالیت خود را به‌عنوان بخش انتشاراتی این مجموعه آغاز کرد و از سال ۱۳۷۸ رسماً پا به عرصه حرفه‌ای نشر گذاشت. فلسفه و کلام، دین و عرفان، علوم اجتماعی، زبان‌شناسی و ادبیات و هنر اصلی‌ترین حوزه‌های فعالیت انتشارات هرمس از آغاز تا امروز بوده است. انتشارات هرمس در سال ۱۳۸۵ به عنوان شرکت انتشاراتی مستقل سهامی خاص به ثبت رسید.
هرمس به مرور زمان فعالیت‌های خود را گسترش داد. «کتاب‌های کارآگاه» شامل مجموعه‌های شرلوک هولمز، آگاتا کریستی، مگره و… و «کتاب‌های کیمیا» که شامل آثار نویسندگان جهانی ادبیات کودکان و نوجوانان می‌شود و نمایشنامه‌ها و مجموعه افسانه‌های ملل بعدها به رده‌های هرمس افزوده شدند. بازنشر آثار کلاسیک ادبیات فارسی از دیگر مجموعه‌های هرمس است که به دلیل ارائه نسخه‌های منقح از کلاسیک‌های فارسی در قطع و اندازه و حجم متفاوت، از اقبال مخاطبان برخوردار شده است.
هرمس در ۲۵ سال فعالیت خود ناشر آثار بسیاری از بزرگان فرهنگ و اندیشه و ادبیات امروز بوده است، از جمله احمد سمیعی گیلانی، محمدعلی موحد، فتح‌الله مجتبایی، ضیاء موحد، اسماعیل سعادت، حسین معصومی همدانی، نصرالله پورجوادی، قاسم هاشمی‌نژاد، موسی اسوار و… .
همچنین هوشنگ رهنما، مصطفی ملکیان، احمد کسایی‌پور، هومن پناهنده، محمدرضا پارسایار، زنده‌یاد مجتبی عبدالله‌نژاد، مژده دقیقی، مرتضی کریمی‌نیا، پیروز سیار، آبتین گلکار و…. در طول سال‌های گذشته از همکاران همیشگی هرمس بوده‌اند.
لطف‌الله ساغروانی از بدو تأسیس مدیریت انتشارات هرمس را به عهده داشت. در سال ۱۳۹۸ سعید دمیرچی جایگزین او شد. از مهر ۱۴۰۰ مرتضی کاردر به‌عنوان مدیرعامل هرمس انتخاب شده است.